С целью повышения качества подготовки студентов по естественно-научным дисциплинам в университете в 1993 году образован Центр фундаментальной подготовки, первым директором которого был профессор, д.ф.-м.н. А.Г. Зарубин. Учитывая возрастающую роль математики в современном образовании и возникшую потребность в специалистах математического профиля, в 1998 году ЦФП преобразован в Факультет математического моделирования и процессов управления.

В 2011 году всвязи с  появлением на факультете новых специальностей и началом подготовки бакалавров Тихоокеанским государственным университетом ФММПУ был переименован в Факультет компьютерных и фундаментальных наук.

Соблюдая многолетние традиции, факультет готовит кадры по прикладной математике, программной инженерии, компьютерной безопасности и физике. Подготовка ведется по многоуровневой системе высшего образования: бакалавр - магистр, инженер (специальности КБ).

 В настоящее время в состав факультета входят следующие кафедры:

1. «Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем» - зав. кафедрой д.ф.-м.н, профессор Р.В.Намм;
2. «Прикладная математика» - зав. кафедрой д.ф.м.н., профессор А.Г. Зарубин;
3. «Высшая математика» - зав. кафедрой д.ф.-м.н., профессор А.Г. Подгаев;
4. «Физика» - зав. кафедрой д.т.н., профессор В.И. Римлянд;
5. «Теоретическая механика» - зав. кафедрой к.ф.-м.н., доцент М.В. Лейбович;
6. «Химия» - зав. кафедрой к.х.н., доцент Т.Б. Панасюк;
7. «Информатика» - зав. кафедрой, к.ф.-м.н., доцент В.В. Стригунов.

На факультете работают более 100 преподавателей в том числе 11 профессоров, докторов физико-математических наук, 1 профессор, доктор химических наук, 1 профессор, доктор геолого-минералогических наук и более 50 доцентов, кандидатов наук.

К подготовке специалистов по прикладной математике и информатике, программному обеспечению вычислительной техники и автоматизированных систем привлечены ведущие ученые факультета: В.К. Булгаков - д.ф.-м.н., профессор, С.А.Зайцев - д.ф.-м.н., В.И. Римлянд - д.т.-н., профессор, А.Г. Зарубин - д.ф.-м.н., профессор, Р.В. Намм - д.ф.-м.н., профессор, А.Г. Подгаев - д.ф.-м.н., профессор, Н.А.Хохлов - д.ф.-м.н., B.A. Быковский - д.ф.-м.н., профессор и другие.

На кафедрах факультета сложились научные школы по дифференциальным уравнениям, уравнениям математической физики, моделированию и оптимизации процессов управления с применением компьютерных технологий, проектированию автоматизированных информационных систем, защите информации в компьютерных системах, исследованию колебательных процессов в динамических системах, теоретической физике, физике твердого тела, теоретическим и технологическим основам многослойных композитных материалов.

Основная научная работа в области математики протекает в рамках постоянно действующих научных семинаров: по математическому анализу, дифференциальным уравнениям, вариационным неравенствам в задачах механики, математическому моделированию задач механики и физики.

Ведутся совместные научные исследования с ВЦ, ИПМ ДВО РАН и осуществляются научные обмены с зарубежными вузами и научными центрами.

Отражением успехов сотрудников факультета в научной деятельности в области математики и плодотворного сотрудничества с учреждениями РАН и другими вузами является факт присуждения крупного гранта по федеральной целевой программе «Интеграция», головным исполнителем которого утвержден наш университет.

На факультете существует аспирантура и докторантура для подготовки научных кадров высшей квалификации. Только за последние два года сотрудниками факультета защищены 2 докторские и 11 кандидатских диссертаций.

В университете работают диссертационные советы по защите докторских и кандидатских диссертаций в области математики и математических методов исследований в других отраслях науки, что делает подготовку специалистов по прикладной математике и программному обеспечению качественной и высокоэффективной.

Преподаватели факультета постоянно совершенствуют учебный процесс, используя современные технологии обучения, вносят существенный вклад в общую научную работу университета и способствуют повышению уровня научных исследований на Дальнем Востоке.

Основные научные направления кафедр

1. Кафедра «Прикладная математика»:
   • Дифференциальные уравнения и численные методы
   • Математический анализ
   • Математическое моделирование
   • Методы оптимизации
2. Кафедра «Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем»:
   • Проектирование и создание автоматизированных информационных систем (АИС)
   • Защита информации в компьютерных системах
   •   Моделирование задач механики сплошных сред
3. Кафедра «Физика»:
   • Теоретическая физика
   • Создание автоматизированных измерительных систем
   • Магнитооптика
4. Кафедра «Высшая математика»:
   • Дифференциальные уравнения неклассического типа
   • Функциональный анализ
   • Нелинейные краевые задачи для уравнений математической физики
5. Кафедра «Теоретическая механика»:
   • Математическое моделирование динамических систем
   • Неравновесная оптодинамика лазерных капилляров
6. Кафедра «Химия»:
   • Научные принципы создания триботехнических систем
   • Проблемы педагогики высшей школы